| Spieltag 1 | 28.08.2011, 14:00 Uhr | 1. FC Nürnberg - FFC Wacker München II | 2:3 |
| Spieltag 2 | 04.09.2011, 12:45 Uhr | FFC Wacker München II - SpVgg Kaufbeuren | 1:2 |
| Spieltag 3 | 11.09.2011, 17:00 Uhr | RSV Drosendorf - FFC Wacker München II | 1:0 |
| Spieltag 4 | 18.09.2011, 12:45 Uhr | FFC Wacker München II - 1. FFC Hof | 1:1 |
| Spieltag 5 | 25.09.2011, 12:45 Uhr | FFC Wacker München II - FC Karsbach | 1:1 |
| Spieltag 6 | 02.10.2011, 12:45 Uhr | FFC Wacker München II - SV Frauenbiburg | 4:0 |
| Spieltag 7 | 09.10.2011, 12:45 Uhr | FFC Wacker München II - Sp.Vg Eicha | 3:1 |
| Spieltag 8 | 15.10.2011, 17:30 Uhr | FC Memmingen - FFC Wacker München II | 2:1 |
| Spieltag 9 | 23.10.2011, 12:45 Uhr | FFC Wacker München II - VfB Straubing | 2:1 |
| Spieltag 10 | 30.10.2011, 14:00 Uhr | SC Regensburg - FFC Wacker München II | 1:3 |
| Spieltag 11 | 13.11.2011, 12:45 Uhr | FFC Wacker München II - SV Reitsch | 2:1 |
| Spieltag 12 | 20,11.2011, 12:45 Uhr | FFC Wacker München II - 1. FC Nürnberg | 1:3 |
| Spieltag 13 | 24.03.2012, 17.30 Uhr | SpVgg Kaufbeuren - FFC Wacker München II | |
| Spieltag 14 | 01.04.2012, 12.45 Uhr | FFC Wacker München II - RSV Drosendorf | |
| Spieltag 15 | 07.04.2012, 16.00 Uhr | 1. FFC Hof - FFC Wacker München II | |
| Spieltag 16 | 14.04.2012, 17.00 Uhr | FC Karsbach - FFC Wacker München II | |
| Spieltag 17 | 21.04.2012, 17.00 Uhr | SV Frauenbiburg - FFC Wacker München II | |
| Spieltag 18 | 28.04.2012, 15.00 Uhr | SpVgg Eicha - FFC Wacker München II | |
| Spieltag 19 | 06.05.2012, 12.45 Uhr | FFC Wacker München II - FC Memmingen | |
| Spieltag 20 | 13.05.2012, 15.00 Uhr | VfB Straubing - FFC Wacker München II | |
| Spieltag 21 | 20.05.2012, 12.45 Uhr | FFC Wacker München II - SC Regensburg | |
| Spieltag 22 | 26.05.2012, 17.00 Uhr | SV Reitsch - FFC Wacker München II | |
